25 år efter åbningen opkræves der stadig betaling for at køre over Storebælt, fordi Folketinget siden 2009 har brugt indtægterne til anden infrastruktur. I infrastrukturplan 2035 trækkes 7,9 mia. kr. ud af Storebæltsforbindelsen i 2024-2030. Eksperter som Mogens Fosgerau advarer om, at betalingen er blevet en skjult skat, der skader sammenhængskraften.
Siden 2019 har Folketinget systematisk brugt Storebælts overskud til at finansiere andre infrastrukturprojekter frem for at afvikle broens gæld. Først med investeringsplan 2030 på 112,7 mia. kr. og siden med infrastrukturplan 2035, hvor 7,9 mia. kr. trækkes ud af Storebæltsforbindelsen i 2024-2030. Eksperter kalder ordningen en skjult skat.