Hovedentreprenøren Femern Link Contractors (FLC) kræver 1,95 mia. euro – svarende til 14,5 mia. kr. – i kompensation fra Femern A/S for forsinkelser og ekstraomkostninger i tunnelbyggeriet. Kravet knytter sig blandt andet til forsinket adgang til tunnelrenden, nye tyske miljøkrav og en forsinkelse på op mod 20 måneder. Sagen er uafgjort og kan fordyre projektet betydeligt.
Hovedentreprenøren FLC rejser i 2024 et milliardkrav mod Femern A/S for forsinkelser og ekstraomkostninger. I 2026 når parterne en delvis aftale om ekstra betaling for tunnelrenden, mens projektet samlet forsinkes og fordyres.